La Escuela de Arquitectura de la UABJO se fundó el 5 de diciembre del año de 1957 y ya para marzo de 1958 estaba iniciando actividades. Se había fundado para ofrecer una opción más dentro del campo de las profesiones, porque la ciudad de Oaxaca crecía y los pocos arquitectos que ejercían provenían de instituciones situadas fuera del Estado. De manera que antes de su fundación, los aspirantes a esta carrera tenían que trasladarse a otra ciudad, generalmente a México, D.F.
En 1976 la Universidad se escindió, y de un lado quedaron profesores como Ballesteros, Villegas, Celestino Gómez Soto, Carlos Eduardo Morales, Ignacio Silva, Jesús Angel Díaz Ortega, Manuel de Jesús Ortega Gómez, Sergio Hernández y muchos más cuya clase social era la rancia burguesía; y en el otro, irónicamente agrupados, los profesores llamados popularmente “los de Obras Públicas”, encabezados por Sergio Rodríguez y Armando Ramírez, y una mayoría de profesores liberales encabezados por Manuel Bolaños y Ernesto Pérez Pujol, quien llegaría a ser Secretario General de la Universidad en el tiempo en que fue Rector el Dr. Martínez Soriano.
El Arq. Manuel Bolaños Rodríguez, egresado de la Universidad de Guadalajara, llegó a la Dirección de la Escuela en 1977 y durante su gestión, que duró aproximadamente un año, como se estilaba entonces dada la inestabilidad política de la Universidad, se le dio auge a las tendencias renovadoras de la enseñanza de la Arquitectura y el humanismo, se incrementó el número de recepciones profesionales y se fundó el CIDAH, Centro de Investigaciones del Desarrollo de los Asentamientos Humanos. A partir de aquí se inicia un verdadero proceso dinámico en la escuela.
La facultad continua siendo una parte activa dentro de la ASINEA, participando en las diferentes reuniones que se celebran por año en la República Mexicana. La facultad continua participando de manera relevante con estudiantes en los encuentros nacionales de estudiantes de arquitectura (ENEA) en 2007, EN EL XIX ENEA, se obtiene un primer lugar por equipos en Colima; en 2008 en el XX ENEA se obtiene un tercer lugar por equipos en la ciudad de Coatzacoalcos, Ver. En 2009 el estudiante Raúl Márquez López, obtiene el primer lugar individual en el XXI ENEA celebrado en la ciudad de Tampico sede de la Facultad de Arquitectura, Diseño y Urbanismo (FADU) de la Universidad Autónoma de Tamaulipas (UAT). Asimismo se participa en 2010 en la ciudad de San Luís Potosí, sede del XXII ENEA, en donde el Rector de la UABJO, Mtro. Rafael Torres Valdez recibe la estafeta para que en 2011, la Facultad de Arquitectura “5 de Mayo” realice el XXIII ENEA en el mes abril. Durante la administración del Mtro. Zárate Martínez se firman los convenios de colaboración con la FADU-UAT para implementar la Maestría en Arquitectura con Énfasis en Diseño Arquitectónico y la Maestría en Diseño Digital. En la búsqueda de la acreditación de segundo ciclo para el año 2012, la atención a las recomendaciones del COMAEA es parte fundamental de las acciones de la administración del Mtro. Zárate, desarrollándose una serie de lineamientos, manuales y reglamentos internos para la mejora de la vida académica administrativa de la facultad y realizándose por primera vez una ceremonia de graduación con la entrega de títulos y cédulas profesionales y la aplicación de una serie de acciones para incrementar el índice de eficiencia terminal y con esto coadyuvar para incrementar el número de titulados en la facultad. Durante su gestión ingresan como profesores el Arq. Salvatore d’Auria, el Mtro. Rafael Nicolás Sánchez Reyes, el Arq. Israel Mayorga Hernández y el Arq. Javier Marín Martínez. En abril del 2010, el Mtro. Emiliano Zárate Martínez entrega al Mtro. Ignacio Santiago León que resultó electo como director para el periodo de 2010 al 2013.
